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目前，审计机关对高校的审计有两种：一种是对高校校长的任期经济责任审计，另一种则是对高校的财务审计。但这两种审计，每年都很少，而当前高校在收费和经费开支特别是科研经费开支上的问题还比较普遍和突出，这就要求审计机关加强高校审计的覆盖面和频率，加大对高校审计的力度。
一、高校管理存在的主要问题
（一）重点部门、重点环节中问题易发多发。
随着近些年高等教育事业的迅猛发展，基建投入、物资采购、招生规模逐渐扩大，高校在工程建设、物资采购、后勤管理、招生录取等方面的自主权也在不断提高，筹资渠道也呈现多元化。从近年来媒体披露的高校经济犯罪案件来看，由于上述这些关键部门岗位掌握的资金量大，掌握的权力大，这些领域也成为高校经济犯罪的易发多发领域。究其原因来看，一方面暴露出当事人财经法纪观念的淡薄，或者某些人有意识钻法律空子，实施违法违规行为。但更深次的原因在于对这些重点部门、关键环节、重要建设项目的日常监督还不到位，一些制度还不健全或者未得到很好执行，权力得不到监督制约，就容易失控，更容易滋生贪污腐败问题。在这些领域的违法违规问题主要表现在：在基建工程招投标、承发包和验收过程中，千方百计规避招投标，甚至牺牲学校利益，为自己或亲朋好友谋取私利，利用职务之便收受、索要贿赂；在招生工作中存在滥用职权、违规招生，利用招生的权力收受贿赂；利用负责物资采购之机收受回扣等。
（二）科研经费监督管理亟须加强。
近年来，国家不断加大对高校科研经费的投入，对高校的科研资金拨款呈逐年上升之势，个别重点院校一年的科研经费到账金额甚至达到三十亿元，资金来源渠道也很多，既有纵向的，也有横向的，而学校对科研经费的监督管理还跟不上科研资金投入的增长，一些科研资金使用效益不高、一些项目、课题组的负责人只重视项目的申请，而轻视对经费支出管理，甚至胡乱开支、将课题经费直接变成个人收入，采用假发票套取、侵吞科研资金的现象也不同程度的存在。高校科研经费腐败已经成为一个新的突出问题，值得监管部门、教育主管部门以及高校深思，考虑如何从源头上、制度上遏制科研经费的浪费，让有限的资金真正用在刀刃上。 目前，审计机关对高校的审计有两种：一种是对高校校长的任期经济责任审计，另一种则是对高校的财务审计。但这两种审计，每年都很少，而当前高校在收费和经费开支特别是科研经费开支上的问题还比较普遍和突出，这就要求审计机关加强高校审计的覆盖面和频率，加大对高校审计的力度。
二、高校管理存在的主要问题
（一）重点部门、重点环节中问题易发多发。
随着近些年高等教育事业的迅猛发展，基建投入、物资采购、招生规模逐渐扩大，高校在工程建设、物资采购、后勤管理、招生录取等方面的自主权也在不断提高，筹资渠道也呈现多元化。从近年来媒体披露的高校经济犯罪案件来看，由于上述这些关键部门岗位掌握的资金量大，掌握的权力大，这些领域也成为高校经济犯罪的易发多发领域。究其原因来看，一方面暴露出当事人财经法纪观念的淡薄，或者某些人有意识钻法律空子，实施违法违规行为。但更深次的原因在于对这些重点部门、关键环节、重要建设项目的日常监督还不到位，一些制度还不健全或者未得到很好执行，权力得不到监督制约，就容易失控，更容易滋生贪污腐败问题。在这些领域的违法违规问题主要表现在：在基建工程招投标、承发包和验收过程中，千方百计规避招投标，甚至牺牲学校利益，为自己或亲朋好友谋取私利，利用职务之便收受、索要贿赂；在招生工作中存在滥用职权、违规招生，利用招生的权力收受贿赂；利用负责物资采购之机收受回扣等。
（二）科研经费监督管理亟须加强。
近年来，国家不断加大对高校科研经费的投入，对高校的科研资金拨款呈逐年上升之势，个别重点院校一年的科研经费到账金额甚至达到三十亿元，资金来源渠道也很多，既有纵向的，也有横向的，而学校对科研经费的监督管理还跟不上科研资金投入的增长，一些科研资金使用效益不高、一些项目、课题组的负责人只重视项目的申请，而轻视对经费支出管理，甚至胡乱开支、将课题经费直接变成个人收入，采用假发票套取、侵吞科研资金的现象也不同程度的存在。高校科研经费腐败已经成为一个新的突出问题，值得监管部门、教育主管部门以及高校深思，考虑如何从源头上、制度上遏制科研经费的浪费，让有限的资金真正用在刀刃上。
（三）关注推进高校事业发展中财政资金的使用情况和使用效益。
审计中会检查预算执行的规范有效性，关注是否存在挤占挪用、虚列支出、私存私放以及因管理不善、决策失误造成损失浪费等问题；分析和揭示是否存在资金分配重点不突出，资金使用效益不高等问题；关注重大资金分配决策是否经过科学论证并由领导班子集体讨论决定，决策是否得到有效执行并实现预期目标。
（四）关注科研项目管理使用情况和科研资金使用效益。
重点关注科研经费是否纳入高校财务部门统一管理、专款专用，是否存在科技经费用于提高人员津贴补贴、重复购置设备以及虚列支出，胡花乱支，使用内容、金额与实际不符的假发票套取资金等问题。揭示科研项目结题不结账，违反规定多提人工费用、管理费，科研项目重复申报等问题，审查科研成果推广应用和转化转让情况，以及其中是否存在国有资产流失的问题。
（五）关注学校基本建设项目管理情况。
审查高校是否制定基本建设的管理制度，建立重大基本建设项目的评估机制，坚持专家咨询、会议讨论和集体决策等制度，按规定的建设程序报批和执行。建设项目的勘察、设计、施工、监理及主要材料设备采购等，是否严格执行招标投标法和政府采购法等有关规定。建设项目资金是否专款专用，按规定标准开支，是否存在改变资金使用性质的问题。
（六）关注学校资产管理和处置、对外投资、校办企业管理情况。
关注是否存在资产不入账、资产闲置、损失浪费等问题；是否存在挪用财政资金委托理财、购买股票、为获取高额利息在非银行金融机构存款形成损失等问题；审查高校是否制定了有关对外投资（包括以学校知识产权投资）和资产处置的管理制度，对外投资和资产处置决策是否经过科学论证和民主决策程序，是否按照规定报有关部门批准或备案。重点关注对外投资是否建立监管机制并发挥作用，投资收益的分配使用是否符合规定；土地等资产处置是否经过评估，是否存在弄虚作假，是否存在国有资产流失的问题。揭示和反映校办企业管理混乱，监管不到位，控制力弱，学校逐渐退出赢利的校办企业，向民营企业和个人输送利益等严重违法违规问题。
（七）关注对外合作办学、办班情况。
近年来公立大学与民营单位会合作举办一些二级学院，在合作办学时作为国有方的学校投入的资金、无形资产等是否得到了足额确认，有无低价入股的情况，合作办学过程中所取得收益的分配是否合理，是否存在一些办班收入权益得不到确认，办班取得收入不入财务大账，私设“小金库”，是否存在学校应享有的办学收益被侵占，其中是否存在国有资产流失的问题都是审计关注的重点内容。
（八）关注高校收费情况。
关注高校在国家规定的收费项目之外，是否存在无依据收费、扩大范围收费的违规收费问题，有无隐瞒、截留、转移、坐支各项收费资金问题。特别关注学校收取的费用不入账、不上缴财政专户、私设“小金库”等违法违规问题。
此外，审计中还应关注高校资产利用率不高，图书借阅率低，政府采购不规范，高校债务化解等问题。
